Massenspektrometrie-basierte Proteomstudien mittels chemischer Labeling-Strategien

Das Ziel des Projekts ist es, die Komplementarität von verschiedenen Quantifizierungsmethoden des Proteoms systematisch zu untersuchen, um im Anschluss die Anwendbarkeit einzelner Quantifizierungsansätze an klinischen Proben des hepatozellulären Karzinoms im Zuge umfangreicher quantitativer Proteomstudien zu testen.

Das Proteom bezeichnet die Gesamtheit aller Proteine, die Abhängigkeit von der Umgebung und eines Zeitpunktes von einem Genom exprimiert werden. Veränderungen des Proteinexpressionsmusters, welche durch z. B. eine Erkrankung bedingt sind, können durch quantitative Proteomanalysen erfasst werden. Hierfür stehen neben der klassischen 2D-Gelelektrophorese, bei welcher mehrere tausend intakte Proteine im Gel getrennt und quantifiziert werden können, zudem massenspektrometrie-basierte Quantifizierungstechniken zur Verfügung. Diese basieren meist auf Isotopenmarkierung von Proteinen oder Peptiden, können jedoch auch vollkommen markierungsfrei sein. Verschiedene Quantifizierungsmethoden sind teilweise komplementär zueinander, was bedeutet, dass sie unterschiedliche Bereiche des Proteoms abdecken können. Dieser Aspekt ist gerade bei quantitativen Proteomstudien klinischer Proben, welche beispielsweise auf die Identifizierung neuer Biomarker oder Drug-Targets abzielen, von großem Interesse. Das Ziel des Projekts ist es, die genannte Komplementarität zunächst systematisch an verschiedenen Modellen (definierte Proteingemische, Zellkulturmodell) zu untersuchen. Im Anschluss wird die Anwendbarkeit einzelner Quantifizierungsansätze an klinischen Proben des hepatozellulären Karzinoms im Zuge umfangreicher quantitativer Proteomstudien getestet.

Antragsteller

Ruhr-Universität Bochum: Dr. Dominik Andre Megger, Jun.-Prof. Dr. Barbara Sitek (Medizinisches Proteom-Center)

Förderlinie: Anschubförderung
Fördersumme: 50.000,00 Euro
Laufzeit: 01.07.2013 – 30.06.2014

Ansprechpartner

Dr. Dominik Andre Megger
Ruhr-Universität Bochum
Medizinisches Proteom-Center
Universitätsstr. 150
44801 Bochum

Telefon: 0234-3226119
dominik.megger (at) rub(dot)de